حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی در پیامی با تسلیت به خانواده‌های عزادار این حادثه، مردم شیراز و ملت ایران تأکید کردند: دستگاههای حافظ امنیت و قوه‌ی قضائیه تا فعالان عرصه‌ی فکر و تبلیغ و تا آحاد مردم عزیز باید ید واحده‌ئی باشند در مقابل جریانی که به جان مردم و امنیت آنان و مقدسات آنان بی‌اعتنائی و بی‌احترامی روا میدارد.متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به شرح زیر است:  

بسم اللّه الرّحمن الرّحیم

جنایت شقاوت‌آمیز در حرم مطهّر حضرت احمد بن موسی علیهماالسلام که به شهادت و مجروح شدن دهها مرد و زن و کودک بی‌گناه انجامید، دلها را اندوهگین و داغدار کرد. عامل یا عاملان این جنایت اندوهبار یقیناً مجازات خواهند شد ولی داغ عزیزان و نیز هتک حرمت حرم اهل بیت علیهم‌السلام جز با جستجو از سررشته‌ی این فاجعه‌آفرینی‌ها و اقدام قاطع و خردمندانه درباره‌ی آن، جبران نخواهد شد. همه در مقابله با دست دشمن آتش‌افروز و عوامل خائن یا جاهل و غافل او وظائفی برعهده داریم؛ از دستگاههای حافظ امنیت و قوه‌ی قضائیه تا فعالان عرصه‌ی فکر و تبلیغ و تا آحاد مردم عزیز باید ید واحده‌ئی باشند در مقابل جریانی که به جان مردم و امنیت آنان و مقدسات آنان بی‌اعتنائی و بی‌احترامی روا میدارد. ملّت عزیز و دستگاههای مسئول یقیناً بر توطئه‌ی خباثت‌آمیز دشمنان فائق خواهند آمد، انشاءالله.اینجانب به خانواده‌های عزادار این حادثه و به مردم شیراز و به همه‌ی ملت ایران تسلیت میگویم و شفای مجروحان را از خداوند متعال مسألت میکنم. 

سید علی خامنه‌ای ۵ آبان ۱۴۰۱